我院万翠红教授课题组发表蓝藻蛋白相互作用数据库

来源:作者:发稿时间:2023-01-11浏览次数:

华大生科讯(通讯员:彭钊)蓝藻(Cyanobacteria)是一类能够进行光合自养的原核生物,被认为是真核生物叶绿体的起源,是研究光合作用的重要的模式生物。作为生命活动的主要承担者,蛋白质很少单独行使功能,而是通过与其他蛋白形成瞬时或稳定复合物来完成职责。因此研究蛋白质的相互作用(Protein-protein interaction, PPI)是解析其生物学功能和相关生理机制的关键之一。近年来,随着蛋白质组技术的发展,PPI信息不断累积,从而催生STRINGIntActPPI数据库的建立。然而,与人类、小鼠和其他模式生物相比,蓝藻相关的资源在这些多物种数据库中比例非常小,给相关领域的研究人员带来不便。

近日,我院万翠红教授课题组在Plant Physiology发表了题为“CyanoMapDB: A Database Integrating Experimentally Validated Protein-Protein Interactions in Cyanobacteria”的研究论文,构建了蓝藻PPI数据库CyanoMapDB (http://www.cyanomapdb.msbio.pro/),该网站整合了蓝藻中6789个蛋白质之间的有实验证据支持的52304PPIsCyanoMapDB从现有的UniProtSTRINGIntAct等数据库和已发表的文献中搜集蓝藻PPIs信息,并且从五种模式蓝藻(PCC 6803, PCC 7120, PCC 7942, ATCC 51142, NIES-592)的共分馏质谱(Co-fractionation MS)数据中挖掘PPIs信息,将以上来源的PPIs进行了整合并提供了相互作用网络的可视化。在该数据库网站中,可以基于蓝藻蛋白的基因名、UniProt ID或是关键词对蛋白对应的PPIs信息进行搜索。搜索结果将展示蛋白质信息,相应的PPIs以及Network:包括目标蛋白在五种模式蓝藻中直系同源蛋白的信息;PPI信息的证据来源;以及根据目标蛋白的PPI以及其证据来源生成可定制的相互作用网络。该数据库将为蓝藻的研究提供有力的数据支持。

此研究由我院万翠红教授和计算机学院的蒋兴鹏教授合作完成,博士后彭钊与硕士生李加强为论文共同第一作者。此研究得到了国家自然科学基金与中央高校基本科研基金的资助。

审读人:谢波/编辑:付玉